Re: Covid-19
Publié : 19 février 2022, 08:42
L' hypothèse d'un déficit déficit en interféron de type 1 est plus évoquée que celle de nos gènes néandertaliens
Déficit en interféron de type 1.
Le rôle d’un déficit en interféron de type 1(IFN-1), première barrière immunologique contre les infections virales est probable dans les formes sévères de Covid-19. 15 à 20% des formes sévères de Covid-19 sont causées par la présence, dans le sang des patients, d’auto-anticorps visant spécifiquement les interférons de type 1, bloquant ainsi leur effet protecteur sur la réplication virale. Ces auto-anticorps sont très rare avant 65 ans (0,2 à 0,5%) et augmente ensuite exponentiellement avec l’âge, expliquant, au moins en partie, pourquoi l’âge est un facteur de risque majeur dans le développement de formes graves de Covid-19. Les auto-anticorps neutralisants dirigés contre les interférons de type I neutralisent la capacité de l’IFN-alpha2 à bloquer l’infection de cellules humaines par le SARS-CoV-2. Parmi les 101 patients présentant une forme critique de pneumonie Covid-19 et porteurs d’auto-anticorps dirigés contre les interférons de type I, 95 étaient des hommes (94 %). la présence de ces auto-anticorps est associée à un pronostic défavorable, le décès étant survenu chez plus de 36 % de ces patients (37 sur 101 patients).
Vont également dans le sens d’une implication d’un déficit en IFN-1 dans les formes graves de Covid-19 d’autres recherches qui ont montré que, chez les hommes, 1,3% des formes sévères s’expliquent par des anomalies génétiques du gène TLR7 qui joue un rôle majeur dans le mécanisme de production d’IFN-1. 3,5% des patients qui présentaient une forme critique de Covid-19 étaient porteurs d’une anomalie génétique affectant la réponse immunitaire dépendante des interférons de type I. 23 patients étaient porteurs d’une variation génétique sur un des 8 gènes occupant les 13 loci analysés. Selon les cas, les patients étaient porteurs d’un défaut génétique connu ou inconnu jusqu’à présent.
Ainsi deux mécanismes similaires mais distincts seraient en cause:
1. Présence d’auto-anticorps chez environ 10 % des patients de la première cohorte,
2. Existence de mutations génétiques présentes depuis la naissance chez 3,5 % des patients inclus dans la seconde étude) impliqués dans certaines formes critiques de la Covid-19.
Néandertal
Un segment de chromosome provenant de notre cousin disparu et porté par 50 % de la population en Asie du Sud et 16% en Europe multiplie par trois les risques de développer une forme sévère de détresse respiratoire. C’est l’hypothèse avancée dans la revue Nature, mercredi 30 septembre 2020, par le pape des génomes anciens, Svante Pääbo (Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste, Leipzig) et de son collègue Hugo Zeberg (Institut Karolinska, Stockholm). Selon eux, les porteurs d’un fragment chromosomique identique à celui trouvé sur plusieurs fossiles néandertaliens ont un risque multiplié par trois de faire une forme grave de détresse respiratoire induite par le SARS-CoV-2. Ce variant est présent dans 50 % de la population d’Asie du Sud, chez 16 % des Européens, mais est quasiment absent en Afrique. Des variants particuliers de régions des chromosomes n°3 et 9 (sur les 23 paires que compte notre patrimoine génétique) étaient plus présents chez les malades ayant fait des formes sévères de Covid-19. En combinant les résultats de huit études totalisant 3.199 cas et 897.488 témoins, la Covid-19 Host Genetics Initiative a écarté la région du chromosome 9, responsable des groupes sanguins, initialement suspectée. En revanche, elle a conforté le rôle d’une région du chromosome trois englobant six gènes. C’est sur ce cluster de gènes que Svante Pääbo et Hugo Zeberg se sont concentrés, en se demandant s’il ne proviendrait pas de Néandertal ou de l’homme de Denisova, un autre de nos cousins disparus. C’est Néandertal qui a légué ce fragment de chromosome à l’homme moderne quand celui-ci l’a croisé après sa sortie d’Afrique il y a 60.000 ans. Si l’héritage néandertalien est très faible voire inexistant dans les populations africaines africaines actuelles, il est visible dans le reste du monde, avec des gradients allant de 1 à 4% du génome.
Déficit en interféron de type 1.
Le rôle d’un déficit en interféron de type 1(IFN-1), première barrière immunologique contre les infections virales est probable dans les formes sévères de Covid-19. 15 à 20% des formes sévères de Covid-19 sont causées par la présence, dans le sang des patients, d’auto-anticorps visant spécifiquement les interférons de type 1, bloquant ainsi leur effet protecteur sur la réplication virale. Ces auto-anticorps sont très rare avant 65 ans (0,2 à 0,5%) et augmente ensuite exponentiellement avec l’âge, expliquant, au moins en partie, pourquoi l’âge est un facteur de risque majeur dans le développement de formes graves de Covid-19. Les auto-anticorps neutralisants dirigés contre les interférons de type I neutralisent la capacité de l’IFN-alpha2 à bloquer l’infection de cellules humaines par le SARS-CoV-2. Parmi les 101 patients présentant une forme critique de pneumonie Covid-19 et porteurs d’auto-anticorps dirigés contre les interférons de type I, 95 étaient des hommes (94 %). la présence de ces auto-anticorps est associée à un pronostic défavorable, le décès étant survenu chez plus de 36 % de ces patients (37 sur 101 patients).
Vont également dans le sens d’une implication d’un déficit en IFN-1 dans les formes graves de Covid-19 d’autres recherches qui ont montré que, chez les hommes, 1,3% des formes sévères s’expliquent par des anomalies génétiques du gène TLR7 qui joue un rôle majeur dans le mécanisme de production d’IFN-1. 3,5% des patients qui présentaient une forme critique de Covid-19 étaient porteurs d’une anomalie génétique affectant la réponse immunitaire dépendante des interférons de type I. 23 patients étaient porteurs d’une variation génétique sur un des 8 gènes occupant les 13 loci analysés. Selon les cas, les patients étaient porteurs d’un défaut génétique connu ou inconnu jusqu’à présent.
Ainsi deux mécanismes similaires mais distincts seraient en cause:
1. Présence d’auto-anticorps chez environ 10 % des patients de la première cohorte,
2. Existence de mutations génétiques présentes depuis la naissance chez 3,5 % des patients inclus dans la seconde étude) impliqués dans certaines formes critiques de la Covid-19.
Néandertal
Un segment de chromosome provenant de notre cousin disparu et porté par 50 % de la population en Asie du Sud et 16% en Europe multiplie par trois les risques de développer une forme sévère de détresse respiratoire. C’est l’hypothèse avancée dans la revue Nature, mercredi 30 septembre 2020, par le pape des génomes anciens, Svante Pääbo (Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste, Leipzig) et de son collègue Hugo Zeberg (Institut Karolinska, Stockholm). Selon eux, les porteurs d’un fragment chromosomique identique à celui trouvé sur plusieurs fossiles néandertaliens ont un risque multiplié par trois de faire une forme grave de détresse respiratoire induite par le SARS-CoV-2. Ce variant est présent dans 50 % de la population d’Asie du Sud, chez 16 % des Européens, mais est quasiment absent en Afrique. Des variants particuliers de régions des chromosomes n°3 et 9 (sur les 23 paires que compte notre patrimoine génétique) étaient plus présents chez les malades ayant fait des formes sévères de Covid-19. En combinant les résultats de huit études totalisant 3.199 cas et 897.488 témoins, la Covid-19 Host Genetics Initiative a écarté la région du chromosome 9, responsable des groupes sanguins, initialement suspectée. En revanche, elle a conforté le rôle d’une région du chromosome trois englobant six gènes. C’est sur ce cluster de gènes que Svante Pääbo et Hugo Zeberg se sont concentrés, en se demandant s’il ne proviendrait pas de Néandertal ou de l’homme de Denisova, un autre de nos cousins disparus. C’est Néandertal qui a légué ce fragment de chromosome à l’homme moderne quand celui-ci l’a croisé après sa sortie d’Afrique il y a 60.000 ans. Si l’héritage néandertalien est très faible voire inexistant dans les populations africaines africaines actuelles, il est visible dans le reste du monde, avec des gradients allant de 1 à 4% du génome.